Преподобномученик Филарет родился 29 августа 1880 года в селе Чулково Пронского уезда Рязанской губернии в семье крестьянина Трофима Пряхина и в крещении наречен был Иоанном.
Грамоте он обучился дома и в семнадцать лет, имея горячее желание послужить Христу и Его святой Церкви, поступил в Спасскую Пронскую пустынь, находившуюся поблизости от города Пронска. В обители, кроме хозяйственных послушаний, он проходил послушание на клиросе. 21 апреля 1913 года он был пострижен в монашество с именем Филарет, 18 августа того же года рукоположен во иеродиакона, а 16 ноября 1914 года — во иеромонаха.
Главной святыней пустыни был список чудотворной иконы Божией Матери «Споручница грешных», с этим образом братия совершала крестные ходы по соседним селам и деревням. Вместе с братией ходил с крестными ходами и совершал молебны и иеромонах Филарет.
После того как во времена гонений в 1919 году пустынь была закрыта безбожниками, отец Филарет перенес икону в храм в селе Срезнево Шиловского района Рязанской области, где он стал служить. Архиепископ Рязанский и Зарайский Вениамин (Муратовский) благословил отца Филарета возобновить монастырский обычай ходить с иконой по селам, и на 29 мая (11 июня) в приходе было установлено празднование этой иконе. В этот день в село сходилось до восьми тысяч богомольцев и до двадцати священников. В 1926 году отец Филарет был возведен в сан игумена.
В июле 1930 года Рязанский отдел ОГПУ сообщил своему руководству в Москве, что в селе «Срезнево Шиловского района 11 июня по случаю престольного праздника имел место массовый наплыв богомольцев — всего около восьми тысяч человек. Такое большое скопление, как выяснено, объясняется тем, что в селе Срезнево служит в качестве священника некто Филарет… Предварительным выяснением установлено, что Филарет, имея “чудотворную икону”, проводит ежедневные молебны и другие виды служб, в которых участвуют несколько попов, монахов и монахинь. 11 июня сего года на празднике в селе Срезнево находилось до двадцати попов и до двухсот человек монашествующего элемента. Службы происходили в течение трех суток…
В период проведения массовой коллективизации паломничество крестьян окружающих сел и деревень, главным образом женщин, было особенно большим, отмечалось также, что после их свидания с Филаретом таковые не вступали в колхозы, а вступившие быстро выписывались.
Окружным отделом ОГПУ принят ряд срочных мер к парализации деятельности Филарета…».
Отец Филарет видел, что власти ведут за ним пристальное наблюдение, и, зная, что повсюду идут аресты духовенства, монахов и мирян, предупреждал всех приходивших к нему в храм помолиться, что близится время его заключения. Сам он уже давно приготовился к этому, и у него всегда висел на стене мешочек с бельем.
31 мая 1931 года игумен Филарет был арестован. Отвечая на вопросы следователя, он сказал: «Я находился в течение двадцати лет в Спасском монастыре… События убиения царя Николая II потрясли наш монастырь, все очень сожалели… В 1919 году разогнали наш монастырь. Имущество разграбили, а в зданиях поместили разные учреждения… Все монахи и послушники разбрелись по разным сторонам, кто куда… В то же время были разгромлены как мужские, так и женские монастыри… Все монахи и монахини поселились около церквей в церковных сторожках и были верными последователями Христа… Я являюсь врагом для советской власти, так как советская власть все время идет против Православной Церкви и религии».
12 ноября 1931 года Коллегия ОГПУ приговорила игумена Филарета к пяти годам заключения в концлагере, и он был отправлен на строительство Беломорско-Балтийского канала.
После окончания срока заключения отец Филарет в 1936 году вернулся в Рязань, пришел к архиепископу Иувеналию (Масловскому), и тот посоветовал ему уехать из города, где его могут снова арестовать, и отправиться в Тверь, где он, как человек новый, будет не столь заметен для местных властей, и там ему будет спокойней.
Игумен Филарет выехал в Тверь, где познакомился со священником единоверческого храма — второго из незакрытых тогда храмов города, тот помог ему найти в городе квартиру, в которой он прожил около двух лет, а затем перебрался к дальнему родственнику, жившему в селе Трубино Медновского района Тверской области. Пока отец Филарет жил в Твери, он посещал храм в честь иконы Божией Матери «Неопалимая Купина», где тогда служил архиепископ Тверской Фаддей (Успенский), а после его ареста и закрытия храма отец Филарет приезжал из села Трубино в Тверь помолиться в последний незакрытый храм города, располагавшийся на Волынском кладбище, где служил сменивший арестованного архиепископа Фаддея епископ Палладий (Шерстенников).
В 1938 году епископ Палладий предложил игумену Филарету занять освободившееся место священника в селе Конаково, куда он тут же отправился, но конаковские власти отказались выдать ему регистрацию, и он возвратился в Трубино.
В августе 1939 года сотрудники НКВД провели аресты в Твери, был арестован и епископ Палладий. 28 августа, когда игумен Филарет пришел на праздник Успения Божией Матери помолиться в храм, к нему подошел диакон и сообщил, что приезжали сотрудники НКВД, которые хотели его арестовать, и диакон посоветовал ему немедленно бежать. Отец Филарет вместе с родственником, у которого жил и который также пришел помолиться, через перелесок вышли из города и пришли в село Трубино. В тот же вечер отец Филарет был арестован и доставлен в тюрьму в город Тверь. Допросы продолжались в течение трех месяцев. На всех допросах отец Филарет категорически отказывался признать себя виновным. И тогда следователи представили ему выдержки из показаний епископа Палладия, который, войдя в тесное сотрудничество со следователями, согласился подписать лжесвидетельства и показать на очной ставке, что игумен Филарет является участником антисоветской монархической группировки.
— В чем конкретно вы признаете себя виновным согласно предъявленному вам обвинению? — спросил следователь отца Филарета.
— Я признаю, что владыке Палладию я высказывал антисоветские измышления, обвиняя советскую власть в притеснении религии и гонении на духовенство, называл советскую власть властью антихриста. Участником антисоветской церковно-монархической группировки я никогда не был и в этом себя виновным не признаю. Никаких советов и указаний… церковникам о проведении антисоветской деятельности я не давал и указаний давать такие советы ни от кого не получал. Владыка Палладий никаких антисоветских поручений мне не давал, и о том, что он является руководителем антисоветской группировки, я до очной ставки с ним не знал. Кроме Палладия, я никому и никогда своих антисоветских настроений не высказывал. Никакой антисоветской деятельности не проводил, виновным себя в других предъявленных мне обвинениях не признаю.
4 марта 1940 года Особое Совещание при НКВД приговорило отца Филарета к трем годам заключения в исправительно-трудовой лагерь.
Игумен Филарет (Пряхин) скончался в 1942 году в Ново-Ивановском отделении Мариинского лагеря в Кемеровской области и был погребен в безвестной могиле.